近年来虽然全世界海水淡化产业发展很快，但我国社会各界对海水淡化的重要性还存在误区，尤其在解决沿海地区和海岛水资源短缺问题方面对海水淡化的重要性认识尚浅，社会上普遍认为海水淡化是一种高成本的科研新技术，对海水淡化水作为饮用水、海水淡化浓盐水对环境的影响等问题还存在着疑虑，对福州海水淡化作为优化水资源配置的重要措施缺乏科学判断和认同感。
管理问题
目前分管水资源、海水淡化及新兴产业的水利部、海洋局、发改委等政府主管部门之间在海水淡化各个环节职责分工不够清晰，部门之间没有很好的衔接，致使各级水行政主管部门未能充分履行和发挥其在海水淡化与管理过程中应有的职责和作用。此外，由于体制和条块分割等问题，水行政主管部门也未参与海水淡化工程的建设计划全过程，致使海水淡化工程未能充分实现其利用效率和效益。
研发资金投入不足，缺乏公共的科研和创新平台。我国海水淡化技术是在国家重点攻关项目和政府支持下推动发展起来的，与技术先进的国家相比，研发资金投入相对较少。
